辣椒立枯病一般发生在辣椒真叶出现以后、开花结果以前，严重时也能使种子腐烂。幼苗白天萎蔫，夜间恢复，反复几天以后，枯萎死亡。茎基部生椭圆形、暗褐色病斑，略凹陷，扩大到茎基部周围，病部收缩干枯，叶色变黄凋萎，根变褐腐烂，直至全株死亡，由于本病发生在木栓化以后，一般不倒伏，立枯病因此而得名，湿度高时，病部生褐色稀疏的蛛网状霉(此可与猝倒病区别)。
什么条件下容易发生辣椒立枯病呢？该病属真菌立枯丝核菌。病菌以菌丝或菌核在土壤内病残体和有机质上越冬，腐生性强，可在土中存活2-3年，寄生范围很广，床土带菌，是幼苗受害的主要根源。病菌发育最低温度为13℃，最高42℃，最适24℃，气温在15-21℃最易发病，在18-20℃发病严重。病菌对酸碱度适应范围较广，PH值3-9.5均能适应，以在弱酸条件下发育良好。病菌通过水流、农具等媒体传播。凡温暖潮湿、播种过密、浇水过多、间苗不及时均易发病。
如何防治辣椒立枯病：尽量避免使用带菌土壤，苗床进行消毒床土每平方米床土用50％多菌灵或50％托布津8-10克拌入10-15千克干细土内，同样用80％作垫土，20％作盖土；不使用未腐熟肥料；做好苗床的通风透气管理工作；发病前喷75％百菌清或70％敌克松600倍液；发病后，撒草木灰或干细土并清除病苗。本病可结合猝倒病一并防治。