番木瓜一般生长在南方，这种果树本身比较特殊从气候等方面不同施肥也有所不同，番木瓜施肥时主要是大量的微元素的补充。具体的肥料应用如下：
在营养生长期氮、磷、钾的比例是5∶6∶5，生殖生长期为4∶8∶8。整地时将腐熟有机肥施入定植穴，每亩用100公斤，定植后10—15天开始薄施促生肥，以后两个月内每隔10—15天施肥一次，以速效肥为主，由薄施到多施，由稀到浓。春植树5—8月是施肥最关键时期，早熟种一般24—26片叶就现蕾(45—50天)，现蕾前后要及时施重肥，供花芽形成需要，仍以氮肥为主，适当增施磷、钾肥。8月底前要把全年肥料的80%施下，9月份以后，主要施壮果肥，此时进入盛花着果期，增施重肥，以满足基部果实发育和顶部开花着果的需要。6月挂果的番木瓜在6—10月每月施重肥一次，要求氮、磷、钾含量较高，每次每株施氮磷钾复合肥100—300克，开花前每株加施20克硼砂。8月还应加施有机肥，如沤熟的花生麸，有利于提高果实品质。为了保证种子发育需要的养分，应重视磷、钾肥的施用。据广东经验，每公顷果园年产果45吨，则每亩要施土杂肥3000公斤、水粪4000公斤、尿素20公斤和复合肥80公斤。