食用菌母种是菌种生产过程的原始种源，母种质量对食用菌菌种生产至关重要，母种质量主要从3方面进行鉴别：
一是母种要纯正，长相均一，即不允许有任何其他微生物存在。如果在继代（转管）培养中出现个别或部分培养物长势有变化，则这一批菌种都不可使用。一般来说，在光滑半透明琼脂斜面培养基上，很容易识别粘滑的细菌菌落、粘稠的酵母菌菌落和产生各种颜色孢子的霉菌菌落；
二是母种要典型，任何一个品种都有其特有的形态特征，即具备某一菌种应有的典型特征；对一支试管斜面母种进行观察，菌丝以接种点为中心向周围均匀辐射生长，形态和长速均匀连贯，边缘整齐则为优良品种。
三是母种要健壮，菌丝洁白、粗壮、浓密，细胞生命力强是优良品种的重要标志。否则表明该品种已老化，不能使用。优良品种进行继代培养时长速均一，若培养期间出现个体间长速不一，参差不齐，则不能使用。