杂交水稻不是转基因的。
杂交是让不同品种的水稻之间杂交，由于水稻不同的品种内有不同的基因，它们杂交后基因随机重组，有可能得到比较优秀的基因组合。水稻的杂交一般不跨物种，即使跨物种也是亲缘关系较近的物种。
杂交定义：两条单链DNA或RNA的碱基配对。遗传学中经典的也是常用的实验方法。通过不同的基因型的个体之间的交配而取得某些双亲基因重新组合的个体的方法。一般情况下，把通过生殖细胞相互融合而达到这一目的过程称为杂交；而把由体细胞相互融合达到这一结果的过程称为体细胞杂交。
所谓基因工程是在分子水平上对基因进行操作的复杂技术。是将外源基因通过体外重组后导入受体细胞内，使这个基因能在受体细胞内复制、转录、翻译表达的操作。它是用人为的方法将所需要的某一供体生物的遗传物质——DNA大分子提取出来，在离体条件下用适当的工具酶进行切割后，把它与作为载体的DNA分子连接起来，然后与载体一起导入某一更易生长、繁殖的受体细胞中，以让外源物质在其中“安家落户”，进行正常的复制和表达，从而获得新物种的一种崭新技术。它克服了远缘杂交的不亲和障碍。
现在的转基因农作物是把其他生物当中有抗虫害的基因转到水稻中来，是一种有目的的基因工程，而不像杂交是随机的，可以说是技术上的进步。但是这样做有一定的安全隐患，因为一般抗虫害的基因表达出的蛋白对虫有毒害作用，但是对人是否有毒害作用，一般要经过严格的检验。另一方面，转基因作物有非常强的环境适应能力，可能会侵占野生植物的生态位，破坏生态平衡。
所以，总结起来，杂交并不是转基因。