1、充分干燥大豆种子在贮藏时，必须进行充分晾晒，水分不应高于12%，若水分超过13.5%，脂肪酸就会迅速增加，豆粒很快变软，即使在冬春季节，也易引起发热变质，不能再作种用。所以，大豆种子入库前把含水量降到10%左右，就会更加安全可靠。
2、低温封闭保管为了保持大豆种子的品质和贮藏温度最好不要超过5℃，粮堆降温入库后，应及时用废旧麻袋、草席等严密覆盖，这样既可以防止外温浸入，又可以防止虫霉感染。
3、清除杂质和破损粒大豆种子里混有的杂质和破损粒，吸湿性强，又易感染贮粮害虫，使粮堆返潮发热、生虫霉变，导致大豆种子酸败变质，甚至失去食用价值。故清除杂质、碎粒是安全贮藏大豆种子的重要措施。
4、防治害虫大豆种子贮藏期间的害虫主要是印度谷蛾与粉斑螟蛾。防虫措施是将粮面扒平，紧压1层竹席或经消毒的麻袋，防止蛾类在春暖后交配产卵繁殖为害。若已生虫，少量种子可过筛除虫或使用药剂熏蒸，即用小碟盛敌敌畏，用报纸垫底，置于粮面上，加盖密封蒸72小时以上，杀虫率可达100%，大批种子可用熏仓法治虫。
5、适时通风刚收获入库的大豆种子，生理活动比较旺盛，粮堆内湿热容易聚集。所以，在干燥有风的晴天，应进行适当通风，以利散粮堆湿热，防止粮面结露，霉变损失。在贮藏过程中，一般以适当降低库内温度和散失水汽为原则。
6、定期检查大豆种子入库后，要定期检查库内气温和湿度、水分、发芽率、病虫鸟鼠害等情况，做好记载，及时采取有效措施，确保种子安全贮藏。