胡萝卜黑腐病为真菌病害，病菌主要在肉质根上越冬，亦可以在病残体或种子上越冬，为来年初侵染源。防治方法有：
1、农业措施：(1)实行2年以上轮作。(2)施用腐熟有机肥和草木灰，合理使用化肥，加强栽培管理，促进植株生长发育，增强抗病力。(3)及时清除病残体，从无病株上采种，做到单收单藏。(4)收获或装运过程中，注意防止肉质根人为损伤。在入窖前剔除伤、病肉质根，并晾晒后贮藏。
2、药剂拌种：用种子重量0.3％的50％扑海因可湿性粉剂或50％福美双可湿性粉剂或70％代森锰锌可湿性粉剂拌种后播种。
3、药剂防治：发病初期开始喷洒75％百菌清可湿性粉剂600倍液，或40％克菌丹可湿性粉剂300～400倍液，或50％扑海因可湿性粉剂1000-1500倍液，或58％甲霜灵锰锌可湿性粉剂400-500倍液，隔7～10天左右喷一次，连续防治2～3次。