水稻细菌性基腐病病原为欧氏杆菌属细菌，主要通过水稻根部和茎基部的伤口侵入。该病主要危害水稻根节部和茎基部，使之变褐，逐渐发黑腐烂，病株易被拔起，有恶臭味。一般在水稻分蘖期开始发生，病株茎基部的叶鞘上产生水渍状病斑，逐渐向上扩展，形成边缘深褐色、中间枯白色的不规则大病斑，茎基部变灰黑色，有时节间出现黑褐色纵条斑，心叶青枯卷曲，最后枯黄，似螟虫危害造成的枯心苗。后期病株茎基部和根部变黑并逐渐腐烂，地上部逐渐枯死。有时病株基部茎节上长出倒生根。该病的独特症状是病株根节部变为褐色或深褐色腐烂，有别于细菌性褐条病心腐型、白叶枯病急性凋萎型及螟害枯心苗等。该病常与小球菌核病、恶苗病、还原性物质中毒等同时发生，或在病株枯死后，恶苗病病菌、小球菌核病病菌等腐生其上。
水稻细菌性基腐病一般有3个发病高峰，分蘖期出现第一发病高峰，以枯心型病株为主；孕穗期出现第二发病高峰，以剥死型病株为主；抽穗灌浆期出现第三发病高峰，以青枯型病株为主，以后出现枯孕穗、枯白穗等症状。偏施或迟施氮肥，稻株柔嫩，发病重。分蘖末期不脱水或烤田过度易发病。地势低，黏重土壤通气性差，发病重。移栽稻因移栽时植伤重，伤口多，一般比直播稻发病重。
叶枯唑主要用于防治植物细菌性病害，内吸性强，具有预防和治疗作用，持效期长，药效稳定，对作物无药害。防治水稻细菌性基腐病，在发病初期可以用叶枯唑、农用硫酸链霉素、碱式硫酸铜、氢氧化铜、噻森铜、噻菌铜、琥胶肥酸铜、络氨铜、噻唑锌、辛菌胺醋酸盐、中生菌素等药灌根或喷雾，有一定的防治效果。注意铜制剂应避开高温时段施药。水稻细菌性基腐病在发病后用药防治效果较差。发病前选用上述药，在水稻移栽前、分蘖期、抽穗前期分别防治一次，防病效果较好。此外，防治水稻细菌性基腐病还应重点采取农业措施预防，选用发病轻的品种；培育壮秧，减少移栽时的损伤；合理施肥，增施钾肥；避免烤田过度和长期深水灌溉。