种子选择与处理是保证绿肥产量，提高播种质量，提高发芽率和生活力，保证菌全蓖壮的重要措施。
选择适宜的品种和种子。各地气候不同，应选择适合当地条件的品种。就贵州来说，以中熟种为好。选好品种后要在播种前对种子进行晒种和风选，尽量选用当年收获的、饱满的、保存良好的优良品种，这是提高鲜草和种子产量最经济有效的措施。据发芽率试验结果，当年收获的种子发芽率可达90%；随着贮存年限的延长，发芽率逐渐下降。新鲜种子呈黄绿色，有光泽；陈种子种皮变为褐色，无光泽。
晒种。选择晴天晒种。晒种能杀死杂菌，增强酶的活性，促进种子发芽快而整齐，提高种子发芽率。
擦种。紫云英种子有20%左右的硬籽（主要因种皮不透性、外表皮角质层厚、有蜡质、不易吸水），为加速种子发芽，应进行人工擦种。作法是将种子和细沙按2:1的比例拌匀，放在石臼中轻捣10-15分钟，或用碾米机碾两次，以种子有臭青味或种子起毛而不破裂为度。
盐水选种。用比重1.03-1.09的盐水（100千克水加食盐2.5~5千克）选种，以去杂去劣去秕粒和清除菌核病的菌核。选种后，立即洗净盐分，晾干。
浸种。用30%-40%的腐熟人尿或0.05%-0.2%钼酸铰、硼酸溶液浸种10-12小时，浸后稍晾干，拌根瘤菌后播种。
接种根瘤菌。接种根瘤菌，是新区发展紫云英成败的关键。种植多年的老区接种高效菌株也有明显的增产效果。接种方法是：将菌剂加水或米汤调成糊状，立即与种子拌匀后播种，不宜久存。拌菌要在遮阴处进行，防止阳光直射杀伤根瘤菌而损伤根瘤菌的活力和接种效果。若配合磷肥拌种，宜选用骨粉或钙镁磷肥。配合磷肥拌种程序一般是先用紫云英根瘤菌剂拌种，然后再拌磷肥，这样使根瘤菌容易牯在种子上。磷肥用量一般是按每667平方米地的种子用钙镁磷肥8千克。如采用过磷酸钙，要先用少量草木灰中和磷肥中的游离酸才能拌种，否则影响发芽率。
紫云英对根瘤菌要求专一，特别是未曾种过的田块，拌根瘤菌剂是成败的关键。