无公害蔬菜施肥时要注意菌肥和有机肥的施加，施加菌肥可以解决很多生长期的问题，对于蔬菜生长十分有利。
施加时注意以下几点：
有机肥发酵。生产无公害绿色蔬菜，多施有机肥是很好的，但是晨使用时一定要发酵。用有机肥作底肥或追肥时，需要特别注意的是，有机肥一定要腐熟，用的发酵剂（如金宝贝发酵剂）进行处理。这样不但可以减少养分流失，还可以彻底有机肥中的病菌、虫卵等有害物，解决病虫源。
菌肥要施用户高质量肥料。生物菌肥不仅含有大量固氮、解磷、解钾活性菌，还含有有机质、腐殖酸和微量元素等，在蔬菜的任何需肥期均可与其它肥料配合施用。高质量的菌肥，如金宝贝菌肥，不但可以节约肥料使用量，而且还可以增强蔬菜的抗病虫能力以及解决土壤板结问题等。