正规的商品化的棉花种子，如脱包衣的棉种，一般都有种子部门签发的种子检验合格证，农户一般无须做种子质量检验。如没有种子合格证，特别是常见的毛子交易，对其质量有怀疑，则可自己进行简易检验，以便了解其质量状况。并在播种保苗过程中采取相应的技术措施。
(1)健子率检验，随机取棉子一把，放入杯中，用热水浸泡约5分钟，待种子上的短绒被水浸湿后捞起，挑出种皮浅褐色，浅红色及黄白色的不成熟、不饱满的种子，并计数；同时将种皮深红色、深褐色的成熟饱满种子作为健子、计数。两者相加为试样粒数，以健子粒数除以试样总粒数再乘以100%，就是健子率。
(2)发芽率检验。随机取200粒棉子，使它充分吸水后(在水中浸泡6~8小时)，用湿毛巾粗布包裹，放在瓷缸和大碗中，置于温暖处(如塑料大棚内或室内灶旁)，时时加水，勿使毛巾干燥。3天后，每天挑出发芽种子(露出白芽就算)，到9天后止。将各日发芽种子数相加，为发芽总粒数。以发芽总粒数除以总粒数200再乘以100%，就是种子发芽率。快速检验发芽率的方法，是将棉子样充分吸水膨胀后，逐粒剥取棉仁，或用刀片纵切棉子取其半片，将棉仁或半片棉子浸泡在5%~10%含有苯胺的红墨水中1~2分钟，捞出洗净，立即检查。凡未染色的表示生活力强，能发芽，全染色或基本染色的则已丧失活力，不能发芽。由此估测其大约的发芽率。
(3)纯度的察看。棉花品种纯度主要是依据对田间棉株的考察。一般从棉子上很难准确判断其纯度。但从棉子本身中否整齐纯一也可看出纯度的大体情况。可随机取出一把种子，摊平，仔细观察其大小、形态、色泽、短绒状况等，如大体一致，可以认为纯度较好；相反，差别大，异形异色子较多，可以认为纯度偏低。