棉花炭疽病在苗期发病，引起苗枯，苗期发病率26%-70%，严重时可达90%以上，成株期发病时造成棉花烂铃的主要病害，严重年份病铃率达20%以上，免去普遍发生，发病的多少收当年的气候及栽培条件的影响很大。症状
1、棉籽在刚发芽未出土前被害，幼芽及幼根变褐腐烂，病轻的尚能出土。
2、棉苗被害，近土面的茎基部产生红褐色小病斑，扩大后呈现褐色略凹陷的纵条斑，病斑边缘仍呈红褐色。有时病斑中部产生纵向裂痕。病重时，病斑扩展到整个茎基，使呈黑褐色半湿腐状，苗枯萎。
3、子叶被害，多在叶缘产生半圆形黄褐色或褐色病斑，外缘呈红褐色。
4、幼苗顶端被，呈现黑褐色枯死，叶柄及茎秆上的症状均呈现红褐色至黑褐色的纵条斑。发病规律棉籽从开始发芽至到棉铃成熟均可被害，但主要危害棉苗和棉铃，常造成严重损失，成株的茎叶受害轻微。防治技巧在苗期阴雨连绵，棉苗根病初发时，及使用10%苯醚甲环唑悬浮种衣剂1500倍液，隔1周喷1次，共喷2-3次。拌种可用10%福美双。拌种灵悬浮种衣剂200-250/100kg种子，也有较好的预防效果。