苦瓜的常见病害有白粉病、黑斑病、叶瘿蚊和疫霉病等。其中，白粉病是苦瓜生长中最常见的病害之一。它会在苦瓜的叶子、茎和果实上形成白色的粉状物，并逐渐扩散，导致苦瓜的叶片枯黄、干枯甚至死亡。黑斑病则会在苦瓜的叶片上形成黑色斑点，严重时会导致叶片凋萎甚至掉落。叶瘿蚊则会寄生在苦瓜的叶片上，导致苦瓜的叶子变形严重，生长缓慢。疫霉病则主要影响苦瓜的果实，会导致苦瓜表面出现黄褐色斑点，严重时甚至会腐烂。
苦瓜还会受到多种虫害的侵袭。其中，蚜虫是苦瓜生长中最常见的虫害之一。它会在苦瓜的叶片上寄生，并吸取苦瓜的汁液，导致苦瓜生长缓慢甚至死亡。另外，飞虱也会在苦瓜的叶片上寄生，并分泌黏液，严重时会导致苦瓜的叶片出现黄斑、枯黄等现象。还有果实蝇会寄生在苦瓜的果实上，导致苦瓜的果皮开裂、腐烂等现象。