水稻胡麻叶斑病的危害是巨大的。在发病初期，病斑大小不一，颜色呈灰褐色，后期逐渐扩大，颜色变为棕黑色，边缘清晰，有锯齿状。严重影响水稻的光合作用，导致产量降低。此外，病斑上的真菌孢子会随风传播，导致病害的传播范围扩大，给相邻的水稻田带来污染风险。
水稻胡麻叶斑病的成株叶片症状也是非常明显的。在病害进一步发展的情况下，病斑会导致叶片枯黄萎蔫，叶面出现大片死亡斑，整个叶片变得松软，严重影响水稻的生长发育，导致产量大幅度下降。此外，在成熟期，水稻叶片上的病斑还会影响水稻籽粒的品质，导致储藏期缩短，影响水稻的商品价值。