造成百香果苗根茎部枯萎的原因可能是因为土壤过湿。百香果喜欢透气、排水良好的土壤，如果土壤过湿，就会引起根系部分腐烂而导致苗木死亡。在种植时，应该选择排水良好的土壤，并且及时进行排水。
百香果苗根茎部枯萎的原因也可能是植株感染了病菌。病菌感染往往会导致植株受损，根茎部分枯萎。如果发现苗木出现病菌感染的迹象，应该及时采取防治措施。可以使用农药、烟熏等方法进行防治，但是要注意使用方法和安全。
百香果苗根茎部枯萎的原因也可能是由于温度过高或过低。百香果喜欢温暖湿润的气候，如果温度过高或过低，会影响苗木的正常生长，导致根茎部分枯萎。为了避免这种情况发生，应该选择适宜的温度条件，以及合适的种植环境和管理方法。