在水稻插秧机的工作过程中，因为结构的不同而各有差异，但是基本的流程大致是相同。它的群体逐次分格取秧直接栽插原理为：秧苗以群体得状态整齐放入秧箱内，随着秧箱作横向移的动，使得取秧器逐次分格然后取走一定数量的秧苗，在插秧的轨迹控制机构作用之下，按照农艺的要求将秧苗插入泥土中，取秧器再按一定的轨迹回至秧箱取秧。
各种的水稻插秧机栽插部分的组成上基本相同：人力插秧机由秧箱、分插秧机构、机架和浮体(船板)等组成，自走式机动插秧机还设有动力驱动、行走装置、送秧机构等部分。
1、秧箱
秧箱的主要功能是承载秧苗，并与送秧机构、分插秧机构配合，完成送秧和分秧作业。主要有箱体、箱架、秧门(包括秧帘)和秧刷等组成。在横向移箱机构作用下，使秧箱横向移动，从而使秧苗移向秧门，以配合取秧器有规律的取秧栽插。
2、分插秧机构
分插秧机构是水稻插秧机的主要工作部件，由取秧器及其驱动机构和轨迹控制机构组成。取秧器在驱动机构的驱动和轨迹控制机构的控制下，按照一定的轨迹从秧箱中分取一定数量的秧苗并将其插入土中，然后返回原始位置开始下一次循环动作。按分秧动作，有横分和纵分两种：
①横分取秧器有适于拔取苗栽插的秧夹和适于带土苗栽插的切扒式秧爪，两者根据需要可互换使用。秧夹由活动夹片和固定夹片构成，其张开度根据秧苗的粗细和秧苗数量进行调节，切扒式秧爪带有脱秧片，使带土秧苗从秧爪上顺利脱出。
②纵分取秧器有适于拔取苗栽插的梳式秧爪，适于带土苗栽插的有装上脱秧器的梳式秧爪，或采用筷子式秧爪。梳式秧爪在分秧过程中对秧苗有分理作用，筷子式秧爪在插入带土秧苗中取秧时，由推秧片把带土苗强制推出。
一定数量的秧夹或秧爪按规定行距配置在秧夹（或秧爪）排上。在滚动直插式插秧机上，一般有2～4个秧爪排与作圆周运动的分插轮转臂铰接相连，在摆动直插式插秧机上。一般是一个秧爪排同作往复摆动的摇臂铰接相连，也可将一个取秧器直接装在一组曲柄连杆机构的连杆上，进行分组驱动。在多数插秧机上，取秧器的运动轨迹除由驱动机构控制外，还受轨迹控制机构的控制。常用的轨迹控制机构有导槽、滑道、凸轮、行星齿轮和四杆机构等，与各种驱动机构配合组成各种类型的分插秧机构。
3、送秧机构
送秧机构包括纵向送秧机构和横向送秧机构，其作用是按时、定量地把秧苗送到秧门处，使秧爪每次获得需要的秧苗：
①纵向送秧机构的送秧方向同机器行进方向一致，有重力送秧和强制送秧两种。重力送秧是利用压秧板和秧苗自身的重量，使秧苗随时贴靠在秧门处，常用于人力插秧机，其送秧能力随秧箱形式及秧箱内秧苗数量多少而变化，因而送秧均匀度较差。强制送秧是由纵向送秧机构定期推送秧苗，其送秧能力强，又分整体送秧和对准送秧两种。前者主要用于带土苗。当秧箱横向移动至两端极限位置时，将整体秧苗往秧门推送一次，后者主要用于拔取苗，取秧器每取秧一次，即相应的送秧一次，送秧宽度等于取秧器的取秧宽度。
②横向送秧机构的送秧方向同机器行进方向垂直，都采用移动秧箱法，因而又称移箱机构。按其移动方式又分为间歇移箱和连续移箱：间歇移箱机构用于拔取苗和带土苗，其特点是在秧爪分取秧苗时停止移箱，以利于秧爪梳理分秧。连续式移箱机构是在作业中使秧箱作横向连续等速运动，移至两端极限位置后自动换向，因而在分秧阶段，秧爪和秧箱相对移动，适用于带土苗。
4、机架
机架是插秧机各部件和机构安装的基础，要求刚性好、重量轻。按机架与船板连接方式可分为整体式和铰接式两种：整体式是用插深调节器调整插深后，把机架和船板锁定，铰接式是机架和船板仅靠插锁连接，在作业过程中插秧深度随泥脚深浅而变化。
5、行走装置和承载浮体
人力插秧机以船板为承载浮体，支承机器的全部重量，一般不设行走装置，作业时由人力牵引，使船板在泥面滑行。自走式机动插秧机的行走装置包括驱动轮、导向轮和陆地运输轮等。驱动轮多采用叶片式铁轮，并有独轮驱动、两轮驱动和四轮驱动等类型，其承载浮体有整式船板和间隔配置的浮板两种类型，支承机器的部分重量。
中国的乘坐自走式机动插秧机多采用前面一个驱动轮、后面为整体式船板的独轮驱动方式，陆地运输时加装2个尾轮，具有结构简单、行驶阻力小、操纵轻便、行驶直线性和转弯靠行性能好等特点。日本则采用前面两个导向轮、后面两个驱动轮加3～4块浮板的驱动方式，或前、后4个驱动轮加浮板的驱动方式。
日本的手扶自走式机动插秧机多采用两个驱动轮加浮板的驱动方式。
6、动力驱动部分及其他
自走式机动插秧机的动力驱动部分包括发动机、变速传动装置，以及转向、换档、离合等操纵机构。此外还有各种调节装置、监测讯号装置、牵引架、插秧手座位、秧篮及遮阳装置等辅助部分。