首先在收割水稻前，必须要对脱粒机进行全面认真细致的检修，要检查螺栓、传动皮带、皮带轮、钉齿、筛网是否完好，柴油机或电动机，传动部件等是否有问题，如有故障应及时排除，杜绝不安全生产隐患，注意机器一定不能带“病”作业；脱粒机及动力的场地位置移动与安装，应由熟练的专业人员来操作。移动脱粒机时，必须把柴油机熄火停机或关闭电动机电源，电线不能在地上拖拉，防止绝缘层磨损漏电伤人。
启动柴油机和电机时，应由专业人员检查安全后，才能启动工作；脱粒机上安装的安全防护罩，必须齐全、可靠、牢固。标识应清晰、准确、完整，以确保操作者人身安全；使用脱粒机的人员，必须清楚操作规程和安全知识。新手必须通过技术培训后才能操作，注意：操作人员并非越多越好，需按规定要求配置，切忌临时拼凑人员，否则容易发生不安全事故；不论是用柴油机还是电动机作为动力，作业时，喂入秸秆要均匀适当，不要超负荷作业，也不要将秸秆成捆喂入，切忌将夹杂的异物，如：石头、木棍、铁器、玻璃等之类的东西与秸秆一起喂入，否则把机器损坏或造成伤人事故不安全因素发生，特别注意在操作时，决不能将手指伸进喂入口，以防被高速旋转的钉齿打伤，伤及人身；在秋季农忙收割水稻脱粒时，往往需要日夜脱粒工作，一般工作５小时左右，须停机休息一下，对脱粒机及动力进行安全检查，使工作人员休息一会儿，机器得到检查维护，不要强制连续工作时间太长，否则容易发生事故。要使工作人员知道，安全生产是重中之重的意识；每次收获结束时，应对机动脱粒机进行全面的清洁擦洗、维护，保养好，应放在室内，最好用塑料布封好保管。决不能放在露天下，院子内，场边，路边，被风吹日晒，雨淋，使机器锈蚀，损坏，来年用时留下不安全隐患。