在使用脱粒机时要勤观察、勤保养、勤检查，并严格按照操作规程去做，才能达到高效、优质、低耗、安全。
1、安全使用
⑴使用前一定要全面检查，并作必要的修理
秋收收割前，需对脱粒机进行认真检查、修理，查看螺栓是否松动、纹杆是否完好、传动部件等是否有问题及电线有无破损。找出不安全因素并加以排除，切不可带“病”运转。
⑵不能随意增大电动机功率或超负荷工作
脱粒用电动机损坏需要更换时，要购买相同功率的电动机，使用大功率电动机很容易出安全事故。
⑶不能随意移动和安装
脱粒机移动与安装，均需由熟练的专业技术人员操作，不可自己动手。移动电动脱粒机时，必须先关掉电源，绝缘电线不可在地面拖拉，以防磨破绝缘层，造成漏电伤人。
⑷安全装置必须齐全
脱粒机及其动力机上的安全装置，不能缺少。如传动带一定要有安全防护罩，电动机一定要接地线等，以确保人身安全。
⑸参加脱粒的人员要相对固定
使用脱粒机的人，应懂得机械操作和安全知识，要有实践经验。切忌年老体弱者上机操作，否则很容易发生事故。
⑹脱粒时作物喂入要均匀
脱粒机脱粒时，应注意均匀喂入，喂入量要适当，不可将秸秆成捆喂入，更不能将夹杂的异物与秸秆一起喂入，否则易损坏机件和伤害人身。人的手臂不能伸进喂料口，以防被高速旋转的纹杆打伤，甚至打断手臂。
⑺参加脱粒的人数要适当
脱粒人员并非越多越好，人多了，不仅浪费人力，也容易引发意想不到的事故。同时脱粒场所要禁止小孩进入玩耍。
⑻防止连续作业时间过长
秋收季节脱粒时，连续作业的时间不宜过长，一般工作5～6h后，要停机休息，并对脱粒机及其动力机进行安全检查，使人得到休息、机械得到保养。
⑼不能使用自制或淘汰的脱粒机
有人为节省开支，自制脱粒机或使用淘汰的旧脱粒机。这类脱粒机械与经过严格检验后出厂的脱粒机相比，安全性能很差，故不能使用。
⑽作业后保管
当脱粒作业结束，脱粒机不再使用时，应对脱粒机作全面擦洗，置于室内保管，不能扔在地头、场边，任凭风吹雨淋，使机件锈蚀、损坏，留下不安全隐患。
2、常见故障原因
⑴脱粒不净
主要是因喂入量不均，谷物水分较多，脱粒间隙大或滚筒转速过低等。
⑵谷粒破碎
主要是因脱粒间隙过小或滚筒转速过高造成;喂入谷物不均或谷物过干过湿。
⑶分离不净
主要是因风量不足或风向不对，脱粒机筛孔损坏或其间隙过大，谷物太湿，不易吹掉杂草茎秆。
⑷滚筒堵塞
主要是谷物太湿且又喂入量过大，滚筒转速太低或滚筒齿秆破损等造成缠草所致。此外，动力不足或电压过低也会造成滚筒堵塞。
3、故障排除
⑴试探法
在经验不足的情况下，用试探法调整、拆卸、更换部分零件，观察故障征象的变化情况，以便“对症下药”。如脱粒不净，可调整风量，改变筛孔大小(主要指机动脱粒机)。
⑵反证法
当怀疑某部分有问题而不能肯定时，可改变其工作条件和状况，观察故障征象的变化情况。如脱粒滚筒堵塞，若谷物过湿或喂入过大，可减少喂入量，再查看故障变化情况，从而确定判断是否正确。
⑶换件法
如果对某零件有疑问，可用好的零件更换代替，比较前后征象的变化，以确定故障发生的部位。