在阴雨连绵的天气里，停用的柴油机应放在通风干燥的地方，下部垫高离开地面。一旦受到严重的雨淋或被水浸泡，要及时处理，以免内部严重锈蚀不能使用。具体做法是，擦干外部泥水后，按系统重点检查、修理下列部位：
润滑系统
拔出机油尺，如果蘸出的机油中有水珠，说明油底壳内已经进水。应将机油全部放出，卸下油底壳，用毛刷刷掉各部位的水珠。不要用棉纱类纺织物擦洗，以免丝毛挂在粗糙的机件上，造成集滤器堵塞。卸下机油过滤器及集滤器，洗掉水分及脏物，然后装复。最后装上油底壳，灌上机油至规定位置。
燃料系统
拧松燃油箱放油螺塞，如有水珠渗出，说明油箱内有水，应将油全部放出，并用油枪喷射柴油清洗油箱内部。卸下燃油过滤器，清除滤芯上的油污及水分。卸松高压油管，摇车，使高压油泵及油管内存油排出。将沉淀并过滤好的柴油注入油箱，排除输油路内空气，安装好过滤器，再次摇车，待高压油管喷出清洁无水的柴油时，安上喷油器，继续摇车，直到喷油为止。
压缩系统使气缸减压，摇转曲轴，如排气管中排出水分，应卸下气缸盖，将气缸内的水分清除，气缸壁涂少许机油后装复。
以上三方面检查、处理要互相结合进行。完毕后，即可启动试运转。点火后正常运转几分钟后熄火，保存于干燥处。外部脱漆部位，涂漆或黄油防锈。