手扶拖拉机使用中出现故障，一般可通过“听、看、嗅、触”进行判断。听：改变发动机转速，倾听高速及低速状态下是否稳定，敲击声、排气声是否正常。看：观察排气、排烟、机油颜色等有无变化，漏油、漏气、漏水等现象是否存在。嗅：用鼻子嗅辨烟味，烧焦的气味及油味。触：借助手摸了解水箱温度，轴承发热、零部件固定及高压油管的脉动等情况。下面针对手扶拖拉机的一些常见故障，分别介绍排除方法。
1．主车和拖车脱节
手扶拖拉机的挂钩和插销容易折断，以至主车和拖车脱节，发生机毁人伤的事故，在主车的牵引框和拖车的拖管之间安装新保险挂钩，可妥善解决。
先用厚度8—10厘米的扁铁焊成挂钩形，接着用4根10—12厘米的螺栓将其固定在拖车管上。再做一只牵引框销子，把原有的挂钩和新做的挂钩一并装在这根销子上，同时注意让两个挂钩都能上下左右滑动。然后，在主车牵引框和拖车拖管间安装两条拆卸方便的环链，这样手扶拖拉机行驶中即使原牵引框、插销或挂钩断裂也可保证万无一失。
2．离合器分离不彻底
原因多是分离杠杆球与分离轴承间隙太大或拉杆太长，调整间隙或缩短拉杆即能解决。如果是因摩擦片翅起变形，离合器轴花键磨损，或是轴承盖工作斜面过度磨损等造成，分别采取更换摩擦片，电焊修复或更换轴花键及轴承盖便可解决。
3．自动脱档
原因是拨叉行程过小，达不到镇定位置。应检查变速操纵机构杆件、销子、销孔等，并予以校正。有时也可能是定位钢球和定位槽磨损、弹簧弹力减弱、变速杆变形、罩壳变形、档位板偏斜等原因。更换钢球、弹簧或修复定位槽，校正变速杆、档位板即可。
4．制动器失灵
多因制动环和制动器杆凸轮磨损或制动拉杆和调整螺母调节不当造成。应修复或更换零部件，调整制动杆与螺母。
5．跑向偏离
原因多是左右轮胎气压不一致或磨损不一致。将左右两只轮胎充气至规定气压，若是一边轮胎磨损严重，应考虑更换。