采棉机的行走速度应根据棉花的高矮、疏密及地面情况及时调整，一般控制在2.5-3.5英里/小时。当遇到低矮棉花（株高低于50厘米）时，作业速度要放慢，速度不能超过2.4英里/小时，如果速度过快，下部棉花很容易漏采。机器出现故障及时停车，倒车时应先分离采棉头，否则采棉头将倒转，损坏机件。排除传动部位故障，应在熄火时进行，非工作人员禁止上采棉机。采棉机上必须配备两个以上有效的干粉灭火器。
采棉机卸棉时应在平地上进行，卸棉时严禁行走，避开空中的电线及有碍安全的部件，在有风的状态下应在下风口卸棉。卸棉时要听从指挥，采棉机离拉花拖车位置合适，尽量把棉花都卸在拖车内。采棉机在工作过程中，驾驶人员应严格按照使用手册的要求，及时清理采棉头、机具外围防尘系统等部位的杂质和灰尘。