堆垛氨化法是将秸秆堆成垛、用塑料薄膜密封进行秸秆氨化处理的方法，亦称堆剁法、垛贮法。季节和天气的选择、原料和材料的准备等与窖氨化法基本相同。不同的是不需要水泥窖或土窖，可在平地上进行。堆垛法操作规程参见有关文章，这里将简述要点。
(1)操作步骤
在干燥平整的地上把0.1～0.2毫米厚的无毒聚乙烯塑料薄膜铺开，再把秸秆分层整齐堆放。用尿素或碳铵作为氨源处理秸秆，一般是边堆垛边施放氨源，可以将氨源溶解于水中浇洒，也可采用边撒尿素或碳铵，边浇水。若用氨水处理，可一次垛到顶后再浇泼；用液氨氨化，是在堆垛、密封后用专门设备将氨气注入。
垛的大小可视情而定。大垛适合于液氨氨化，可节省塑料薄膜，容易机械化管理，但水不易喷洒均匀，且容易漏气：规格一般在长×宽×高为4.6米×4.6米×2米。为了便于通氨，可在垛中间埋放一根多孔的塑料管或胶管。小垛适合于尿素或碳铵氨化，规格一般在长×宽×高为2米×2米×1.5米。草垛也可以做成圆锥体型。无论那种规格，垛顶应作成屋脊型，以利于排掉雨水。垛下铺和上盖的塑料薄膜在每边留出1米，以便把两面的塑料膜折叠好，用泥土压紧、封住，不使漏气。
如果采用液氨氨化，堆垛完成后注液氨。将硬塑料管与液氨管或氨瓶接通，按秸秆干重的3％通入氨气即可。目前我国采用的通氨方式主要有两种：一种是用氨槽车从化肥厂灌氨后直接开到现场氨化，另一种是将氨槽车中的氨分装入氨瓶后，再向秸秆中施氨。
(2)堆垛氨化注意事项
①塑料薄膜选用所用的塑料薄膜要求无毒、抗老化和气密性能好，通常用聚乙烯薄膜，膜的厚度和颜色视情而定。如氨化粗硬的秸秆如玉米秸，应选择厚一点的薄膜(厚度O．12毫米)，若氨化麦秸则可选用薄一点的塑料膜。膜的宽度主要取决于垛的大小和市场供应情况。膜的颜色，一般以抗老化的黑色膜为好，便于吸收阳光和热量，有利于缩短氨化处理时间。
②液氨的安全操作液氨为有毒易爆材料，操作时应注意安全。操作人员应配备防毒面具、风镜、防护靴、雨衣、雨裤、橡胶手套、湿毛巾，现场应备有大量清水、食醋。盛氨瓶禁止碰撞和敲击，防止阳光曝晒。