发动机使用没有完全软化的水，冷却系中就会产生水垢。水垢不易传热，积聚较多时，会引起发动机过热；积聚不匀，会由于传热不均引起机件裂纹。因此，应视冷却系内水垢沉积的多少，或以发动机每工作500～1500h为周期，对水垢进行清洗。下面介绍两种清洗方法。
１、放掉冷却水，加入25﹪的盐酸溶液，停放10min,水垢便脱落、溶解，放出清洗液，再用清水冲洗干净。有时放出的清洗液拌有水垢块，堵塞放水阀。这时可直接摘掉下方的水管放出清洗液。该清洗液有腐蚀性，须注意不要溅到皮肤和衣服上，万一溅上应马上用清水冲洗干净。注意，配制盐酸水溶液时，应将盐酸慢慢倒入水中，搅匀后方可使用。切忌将水倒入盐酸中。
２、放掉冷却水，将6㎏热水、0.5㎏烧碱（苛性钠）、0.1㎏煤油的混合液注入水箱，静置2h，发动机运转10min，这样间隔运转5～6次或发动机空负荷连续运转10～12h后趁热放出清洗液。待发动机稍冷后，用清水将水箱、水道清洗干净。如果发现水垢尚未除净，可用上述方法，再清洗一次。