一般来说，杀菌剂、杀虫剂在使用后用清水反复清洗药桶，然后倒置晾干即可，个别毒性较大的农药在使用后可用泥水反复清洗药桶，然后倒置晾干。使用除草剂后，应根据药剂特性有针对性地清洗，清洗方法有以下三种：一、清水清洗：麦田常用除草剂如巨星(苯磺隆)，玉米田除草剂如乙阿合剂等，在打完后，需马上用请水清洗桶及各零部件数次，尔后将清水灌满喷雾机浸泡2-24小时，再清洗2-3遍，便可放心使用。二、泥水清洗：针对克王踪(俗称一扫光)遇土便可钝化，失去杀草活性的原理，因而在打完除草剂克无踪后，只要马上用泥水将喷雾器清洗数遍，再用水洗净即可。三、用硫酸亚铁洗刷。2，4-滴丁酯等药较难清洗，施药后需用0.5%硫酸亚铁溶液充分洗刷器械，然后再进行安全测试，确认无害后才能再次使用。
