任何事物都是具有两面性，既有有利的一面，也有不利的一面。全棚覆盖地膜虽然极大地降低了空气湿度，减少了病害发生的机会，但也有缺陷。
一、阻碍了空气与土壤的气体交换。全棚覆盖地膜后，氧气进入土壤和二氧化碳散出土壤受阻，导致土壤内二氧化碳积累、氧气缺乏，蔬菜根系呼吸强度下降，空气中也得不到土壤产生的二氧化碳的补充，蔬菜生长受到影响。
二、全棚覆盖地膜使土壤有害气体增加，导致伤根。地膜全棚覆盖在影响土壤气体交换的基础上，由于土壤氧气含量的降低，土壤微生物进行厌氧呼吸或对硝态氮肥进行反硝化作用，产生还原性气体，如一氧化氮、氧化氮等，严重影响蔬菜根系的正常生长。
因此，笔者建议，切忌在种植行内全覆盖地膜，可在操作行内撒施稻壳、秸秆或玉米秸等作物秸秆。一方面直接阻止了土壤中的水分蒸发，另一方面作物秸秆还能吸收空气中的水分，并且这些作物秸秆在腐烂的过程中还能释放出热量和二氧化碳，提高棚内温度和蔬菜的光合作用。