水稻工厂化育秧包括选择育秧方法和种子处理、苗土准备、秧田准备、联合播种、秧苗管理等环节。
1、床土备制。育苗用的床土，应选择不粘、不砂、通气性好有机质含量较高、无草籽、无病虫源、偏酸性的肥沃土壤。土壤颗粒细碎，直径2-3mm的颗粒占65％以上，其它的为1.5mm以下，不得有石块杂物。床土pH值控制在4．4—5．4之间，含水量不超过11％。
2、种子处理。主要包括脱芒、晒种、选种、浸种、消毒等前期处理。该环节有脱芒机，脱芒机是采取机械揉搓的形势，把经过晾晒后的种子的枝更和稻芒除掉，以保证每盘的播种粒数。
3、自动控温催芽。是采用自动循环水加热，温度自动控制的方法。播种前2天把经过浸种消毒后的种子放入催芽室中，先把温度调到35度，两小时后调到30度，经过24-48小时即可完成破胸催芽。种子露白后即可降温晒芽待播种
4、联合播种作业。播种作业是水稻工厂化育秧的一个极为重要环节，它包括水平传送秧盘、铺撒床土、刷平床土、喷水、播种、覆土、刮土等流水线作业。
5、出苗前后管理。简易工厂化育秧盘采用田间小棚炼苗，期间须加强发芽出苗的观察与管理，营造秧苗生长的良好环境，控制好温度、水分、灭草防病，并适时催化炼苗，使培育的秧苗整齐健壮。
水稻工厂化育秧的优势
1、能充分提供秧苗生长过程中所需的各种条件，可培育壮秧，为高产、稳产奠定良好的基础，一般可增产5～10%；
2、可节省耕地：工厂面积：大田面积为1∶600～800，而常规的小秧田：大田面积为1∶40。
3、该育秧工厂及有关设备除育秧外，平时可综合利用，可用于种植蔬菜、花卉等；
4、省力、省工、省种，效益高；
5、可促使适度规模经营、集约化农业的发展。