在作业过程中，机构内部会积有大量的尘土和污物，因此在收获季节结束之后，一定要对小麦联合收割机进行很好的冬季保养。做好保管工作，可以延长联合收割机的使用寿命。
清除杂物
彻底清除机器各组成部件和各连结处，特别要注意清理逐镐器，排除回输盘上的残余物。
清理清洗机械的回输盘。
清除滚筒和凹板上的残余物。
一定要把粮仓和各升运器内的谷物清理干净。
完全润滑
按润滑规程进行润滑，然后将机器转动几下。在各连结处，涂极板油或凡士林防止氧化。
小麦联合收割机的部分零部件要卸下分开保管。
取下条筛片仔细清理后保管起来。
取下所有皮带放在干燥、凉爽的室内保管。
卸下链条，清洗后放在60～70℃的牛脂或石蜡中浸泡约15分钟，及链条套筒、销子、滚子得到充分润滑，然后妥善保管。
卸下蓄电池，保存在干燥的室内，每月必须进行充电，并检查电液的液位和电浓的比重。
经清理后，保管好无级变速器的变速盘，变速轴，护刀架梁和割刀。
顶起收割机，把轮胎气压降到规定值。
检查机器上有没有需要修理的地方，有则及时修理。
机器应停放在干燥的库房内，尽可能不要放在室外。另外，库房内不要同时存放化服及其他化学用品。
零部件
要防止铁制件生锈。尤其是薄壁铁制件，如抽水机水管等铁制件，冬季应该把它拆下来，清洗干净，涂上防锈漆，存放在通风、干燥的库房内，待明年春灌前夕再安装使用。其他如犁铧、犁刀等铁制件，应该清洗干净，擦干晾燥，然后涂上机油。要防止电动机受潮。电动机长期不用的，应该放在干燥、通风、清洁的库房里。如果把电动机与农药、化肥放在一起，或放在潮湿的泥地上，时间一长，它就会被腐蚀、受潮，内部绝缘性能下降，造成短路、搭铁、漏电等，甚至会造成触电事故。
要防止橡胶件老化。橡胶件受潮而粘上油类，容易老化，产生裂纹，缩短使用寿命。拖拉机、抽水机、收割机上的三角皮带或手胶带，应该拆下来，挂在壁上或存放在干燥通风的地方。拖拉机入库停放期间，应该用千斤顶或砖块将机车前后桥顶起，使轮胎离地，不承受压力，并要保持适当的气压。
要防止木质霉烂。如打稻机的木桶、滚筒都是用木头做的，若用后丢在一边不保养，机具受潮后很容易霉烂。因此，要把它洗净、晾干，涂上桐油，存放在通风、干燥的地方。要防止机体、水箱冻裂。冬季严寒，拖拉机作业后不把冷却水放掉，机体、水箱容易冻裂。因此，拖拉机作业后，尤其是要长期停放的，一定要将冷却水放尽，防止缸体、水箱冻裂。