管理在节水型农业中起着统筹、统管的重要作用。没有先进的管理，就不可能有高水平的节水型农业。管理涉及社会、体制、经济、技术、政策等诸多因素，它贯穿在水利及农业生产的全过程、在某些方面甚至比工程、农业节水技术更复杂。现就工作量大且在节水中起重要作用的灌区管理补充说明。
(一)组织管理
组织管理是各项管理工作的基础，并对各项管理内容的实施起保证作用，一般在灌区成立灌溉管理委员会，在纯井灌区可以井为单元，实行乡(镇)水管站、村水利队和井长三级管理，或建立乡农用机井统管领导小组，乡水利机泵服务和节水协会，并制定相应的管理制度，也可以成立灌溉公司。
(二)工程管理
按照各项工程管理措施条例管理各项工程，有条件的可推行承包责任制。工程管理内容包括工程设施的控制运用、工程设施的养护、建筑物的观测等工作。在工程管理养护中，必须贯彻预防和修理兼顾，经常养护与定期整修并重的原则，同时还应贯彻农闲大修、农忙小修、边用边修的经常管理养护的工作方法。
(三)经营管理
在井灌区可实行“以地养人，以人护井”的经营管理制度，每一机井修建井房，设专人管理，管理员可分给责任田，以责任田的收入来支付管理员工资，不足部分从水费中给予补助。在渠灌区可按面积配备管理工作人员，按灌溉面积分配水量和收取水费。
(四)用水管理
在灌水前编制用水计划，依序轮灌，先付款后放水，最后结算。在井灌区可实行机井统管，建立单井档案，建设井房、井台等设施和专职机泵手等，机房内要配备电压表、电流表、计时器和保护装置，随时监测机泵运行状况。对灌溉地进行调整，浇地打破村组地界，农户就近用水，减少输水损失。为了搞好用水管理，渠灌区还要建立和完善各种量水建筑物，有条件的灌区可以用计算机对用水实现自动化管理。根据灌区气象变化规律、农业种植结构、灌溉用水实践和水源来水规律，拟定年度灌溉预报和水源来水预报，编制灌区年度用水计划和灌溉季节各轮灌期的渠系引配水计划，并对各级放水闸门实行遥测遥控。