1、安装：一是刀库焊接要牢固，秸秆切碎机安装前一定要检查各个动刀库焊接的是否牢固，有无裂口、虚焊等现象；二是定刀螺丝固定要牢固，定刀不能有松动现象；三是动刀螺丝要牢固，避免因螺丝松动造成刀片脱落；四是皮带轮固定要牢固，不得有轴向滑动和晃动；五是上机壳与联合收割机秸秆喷出口、下机壳连接要牢固。确保动刀片齐全，缺少和损坏的要及时换装同型号刀片，且同时更换主轴上对称的另外一组刀片，确保主轴的平衡，避免因主轴不能平衡在高速运转时产生震动，损坏轴承进而引发更严重的机械事故，必要时应更换全部的动刀片。
2、调整：传动三角带不可过紧或过松，过紧时，轴承及轴承径向受力过大，且始终处于受力状态，同时皮带过紧会使皮带、机件磨损严重；过松则易产生打滑现象，使三角带加快磨损甚至烧坏。可通过张紧轮调整三角带的松紧，一般两轮相距1米左右时，用手指按压三角带中部，应垂直下降10～20毫米为宜。全部安装完成后，检查各部件安装无误后，开机试运行，检查机组运转情况，确认安装、运转良好后方可进行作业。
3、使用：操作人员能熟练、准确的操作。作业时保证发动机的转速，注意作业负荷不可过大，秸秆过多或过潮时，应适当降低收获的行进速度、选择适宜的作业幅度，加大凸板与动刀片的距离，确保作业效果，避免堵塞。粉碎后的秸秆抛洒情况，可通过调整导向板的高度和角度来实现。要全面检修，秸秆切碎机的冲击频率较高，要经常检查刀片的使用情况、各连接部位的紧固情况及三角带的张紧度，随时进行调换、紧固和调整，每个班次结束后，都要对机组进行全面检修。作业时粉碎机主轴转速很高，每分钟超过3000转，轴承始终处于高速、高温环境，对滚动轴承，要每作业4个小时加注一次黄油，听到声音异常时，要及时停机检查，必要时更换新轴承。切碎机运转时，严禁人员出现在切碎机的后方50米内，以免抛洒的粉碎秸秆中有硬物造成伤人事故。
4、检修：必须在发动机停止运转、粉碎机温度降低后进行，避免造成意外伤害。作业完毕后，要对机组进行防锈处理。另外，在天气、秸秆干燥作业时，粉碎的秸秆极易燃烧，整个机组的温度较高，容易引发火灾，机手在作业时要做好防火工作。