不同产地的川泽泻种子大小差异显著，种子长度平均为1.492～1.882mm，宽度平均为1.036～1.455mm。引种区雅安产种子最小，长和宽分别为1.492,1.036mm。种子形态大体一致，呈卵圆形，种皮颜色为黄绿色、黄褐色或褐色。雅安出产种子净度最高，为93.2%，五通桥出产种子净度最低，为74.2%。都江堰、五通桥出产泽泻种子净度与彭山、雅安出产种子净度差异达到极显著水平，但都江堰、五通桥出产种子净度之间差异不显著。
不同产地川泽泻种子的外观形态与物理特性存在较大差异，除可通过种子净度判断外，还可通过种子大小、颜色及千粒重等指标初步判断种子质量。种子长度与宽度呈显著正相关，表明生长发育对二者影响一致，反映出这两个指标在遗传和环境适应性上具有紧密相关性。