由于洪水中含有大量的泥沙及腐蚀性物质，柴油机在水中长时间浸泡，泥沙等杂质滞留在机内，会在运动零件表面形成磨料或造成孔道、通道阻塞进而腐蚀机件。必须全面拆卸、检查、清理。
首先用清水清洗
将柴油机外表的泥沙杂质冲洗干净并将柴油机内的废机油、废柴油和冷却水放净。用棍棒、绳索等固定曲轴飞轮、在气缸未清洗前不得使其转动以防气缸进人泥沙而拉伤气缸。然后清除水箱散热器、水套、水管中的泥沙杂质，并用气筒或压缩空气吹净水道孔中的杂质。清洗疏通柴油机上的通气或贮油作用的各通孔、细小孔，认真检查各配合件有无损坏并及时更换。
其次是要用燃油清洗
要拆下进气管、排气管、油箱、喷油器、气缸罩、气缸盖、各油管、柴油和机油滤清器、沼气滤清器、油底壳机油集滤器等部件，用清洁柴油洗净各类纸质滤芯，更换纸垫。然后用毛刷蘸汽油或柴油洗净气缸内泥沙，拆出活塞连杆组进行清洗。缸套、活塞环、气门及气门座圈若有锈蚀应予除锈或研磨，锈蚀严重的应更换新件。分解喷油泵、喷油器、输油泵、并用清洁柴油清洗柱塞副、出油阀副、针阀副三大精密偶件，锈蚀轻微的可涂机油互研，互研后锈迹仍不能消除的应予更新。用清洁柴油彻底清洗曲轴箱、机油泵、机油热器管道、正时齿轮室、曲轴颈净化油腔等，保证润滑油路畅通。
最后加油试车
擦净零配件表面并在配件表面涂上清洁机油，按技术要求组装好发动机，加足柴油、机油和冷却水。然后组装，启动试运转，检查有无漏油、漏水、漏气现象和异常响声，若发现异常应立即停机检查，排除故障。