手扶拖拉机离合器不彻底的一个主要原因是操作不正确。操作者在使用手扶拖拉机时，如果不正确地操作离合器，比如在离合器刚开始接触时就迅速松开，或者在离合器完全接触后才松开离合器，都会导致离合器不彻底。正确的操作方式是在离合器接触到一定程度后再松开离合器，以确保离合器的彻底接触和分离。
手扶拖拉机离合器不彻底的原因还可能是离合器片磨损或变形。长时间的使用或者不当的维护保养可能导致离合器片磨损或变形，使得离合器无法完全接触或分离。这时需要及时更换离合器片，以保证离合器的正常工作。
另外，手扶拖拉机离合器不彻底还可能与离合器压盘间隙调整不当有关。离合器压盘间隙过小会导致离合器一直处于接触状态，无法完全分离。而间隙过大则会导致离合器接触不紧密，也无法完全接触。因此，及时调整离合器的压盘间隙非常重要，确保离合器的正常工作。
此外，手扶拖拉机离合器不彻底也可能与液压系统故障有关。液压系统的故障可能会导致离合器无法及时接触或分离。检查液压系统的工作状态，确保其正常运行，对于避免离合器不彻底很重要。