农用拖拉机使用时，超负荷作业会导致发动机过热。当拖拉机负载超过其设计能力时，发动机需要更大的功率来应对工作需求。为了满足这一需求，发动机会不断燃烧更多的燃料，产生更多的热能。这会导致发动机散热系统的负荷增加，冷却液的温度也会升高。如果超负荷作业时间过长，发动机可能无法充分散热，导致发动机过热甚至烧坏。
此外，超负荷作业也会加剧发动机的磨损和疲劳。当发动机承受超负荷工作时，活塞、曲轴、连杆等运动部件的负荷会增加。这些部件在高负荷下工作时容易受到损伤，加速磨损和疲劳。长期以来，这些磨损和疲劳会导致发动机性能下降，甚至引发故障，缩短发动机的使用寿命。
超负荷作业对环境也产生负面影响。当发动机超负荷工作时，排放物的产生量也会增加。发动机需要燃烧更多的燃料来产生额外的功率，增加了废气中的有害物质含量，如一氧化碳、氮氧化物和颗粒物等。这些有害物质会对空气质量和生态环境产生不利影响，加剧空气污染和温室效应。