在组织性质上，农民合作社是由农民自愿组成的经济组织，以互利互助、共同经营为目的，具有相对独立的法人资格。而农机合作社则是农民为了解决农机使用问题而组成的合作社，不具备独立的法人资格，通常是一个非法人的经济组织。
在功能定位上，农民合作社的主要目标是规范农业生产经营行为，提高农民自身经济收入和生活质量。它通过集体经营、集体合作和集体经济等方式，发挥农民的主体作用，实现经济效益和社会效益的双重提升。而农机合作社的主要功能是提供农机具的使用和维护服务，解决农民在农机使用方面的困难，提高农机化水平，促进农业生产的现代化。
在业务范围上，农民合作社的业务范围较为广泛，包括农业生产、农产品加工、农资销售以及其他与农业相关的经营活动。农民合作社可以根据当地资源禀赋和市场需求，自主决定经营的项目和内容。而农机合作社的业务范围相对较窄，主要集中在农机具的使用和维护上，为农民提供农机具的租赁、维修和技术培训等服务。
在成员组成上，农民合作社的成员主要是农民，他们是该合作社的所有者和经营者，农民之间在组织中的地位相对平等。农机合作社的成员主要是农村农机手、农机经营者和拥有农机的农民，他们的地位相对较为不平等，农机拥有者通常占据主导地位。