甲基二磺隆与其他除草剂一样，通过干扰植物的生长和发育来起到除草的作用。它主要通过抑制植物体内的酶活性，干扰光合作用和氨基酸合成等关键生物化学反应，从而导致植物无法正常生长和发育。与其他化学除草剂相比，甲基二磺隆具有较强的选择性，可以对某些特定的杂草进行有针对性的控制。
然而，甲基二磺隆与一般除草剂也存在一些不同之处。首先，它的作用机理和草甘膦等广谱除草剂不同。草甘膦主要通过抑制一种关键酶EPSP合酶来阻断植物的氨基酸合成，而甲基二磺隆则通过抑制另一种酶ECF合酶来达到同样的目的。这种不同的作用机理使得甲基二磺隆对某些抗草甘膦的杂草具有较好的控制效果。
此外，甲基二磺隆还具有一些与其他除草剂不同的特点。它在土壤中的降解速度较快，对环境的影响相对较小。同时，甲基二磺隆的残留期较短，不会对作物的后续生长产生长期的不良影响。然而，由于其草害范围相对较窄，甲基二磺隆在广泛使用时需根据具体情况进行合理选择。