插秧机配套的撒肥机在使用成本方面存在一定的不足。这种设备一般需要电力或燃油来驱动，因此会产生一定的能源消耗费用。同时，由于撒肥机需要定期进行维护和保养，增加了维护费用。此外，如果农田地势复杂或面积较大，设备的使用效果可能不够理想，需要进行多次操作，增加了人力成本。
插秧机配套的撒肥机在适用范围上存在一定的不足。因为撒肥机的设计目标主要是为了满足插秧机的需求，所以在其他农田作业上的适用性相对较差。例如，对于种植密度较低的作物或者不适宜机械化操作的农作物，撒肥机的效果可能不够理想。此外，如果农田地形不平坦，或者有一些狭窄的地方无法到达，也会限制撒肥机的使用效果。
插秧机配套的撒肥机在环境污染方面也存在一定的不足。撒肥机在操作过程中会产生一定的噪音和尾气排放，对农田周边的环境和人员可能造成一定的影响。同时，撒肥机使用化肥来进行作业，如果使用不当或者量过大，可能会造成土壤和水源的污染，对生态环境产生不利影响。