一个常见的缺陷是双圆盘式开沟器在操作过程中容易出现堵塞问题。由于农田中常常存在着一些根系较为复杂的作物，这些根系容易纠缠在开沟器的圆盘上，导致开沟器无法正常工作。堵塞问题不仅会影响作业效率，还会增加农民的劳动强度。因此，改进开沟器的设计，提高其排除堵塞的能力，是一个亟待解决的问题。
双圆盘式开沟器在开沟过程中容易造成地表结构的破坏。由于开沟器的圆盘需要在地面上进行旋转，其产生的剧烈摩擦会对地表造成一定的损伤。这种损伤不仅会破坏地表的平整度，还会使土壤变得松散，导致水分的流失和土壤的侵蚀。因此，如何减少开沟器对地表结构的破坏，保护土壤的生态环境，也是需要考虑的重要问题。
另外，双圆盘式开沟器在播种精度上存在一定的不足。由于双圆盘式开沟器的开沟深度和宽度是固定的，无法根据作物的需要进行调整。这就导致了在播种不同种类的作物时，很难保证种子的均匀分布和适宜的密度。这不仅会影响作物的生长发育，还会降低农业生产的质量和产量。因此，提高开沟器的可调性和精度，使其能够适应不同作物的需求，是一个改进的方向。