冲孔筛的清洁难度较大。由于谷物清选机在使用过程中会积累大量的杂质，这些杂质会附着在冲孔筛上。由于冲孔筛的结构复杂，清洁起来较为困难，需要花费较多的时间和精力。而且，如果清洁不彻底，杂质会对冲孔筛的筛选效果产生影响，降低谷物的质量。
冲孔筛易损坏。在谷物清选过程中，冲孔筛会受到大量谷物的冲击和摩擦，长时间使用容易出现磨损和裂纹。一旦冲孔筛损坏，不仅会影响谷物的正常筛选，还需要进行维修或更换，增加了维护成本和使用成本。
此外，冲孔筛的筛孔尺寸限制较大。冲孔筛的筛孔尺寸是固定的，无法根据谷物的种类和大小进行调节。这导致了谷物清选机的适应性较差，不能适应不同种类、不同大小的谷物的清洁和筛选需求。需要根据具体的谷物特性选择和更换冲孔筛，增加了操作的复杂性和谷物清选机的投资成本。