脱粒不净与脱粒室的设计和操作密切相关。脱粒室是联合收割机中的一个重要部位，其结构和设计直接影响脱粒效果。脱粒室内的脱粒器、摩擦板、定量器等设备的合理布置和调整，可以有效地控制脱粒过程中的磨损、打谷率和脱粒效果，从而影响到脱粒的彻底与否，以及脱粒后的残粒量。如果脱粒室内的设备设计不合理或者调整不当，容易导致脱粒不净，即脱粒效果不理想，农作物残留大量籽粒，影响收割效率和粮食质量。
脱粒不净与脱粒室内部的清理和维护密切相关。在使用联合收割机进行脱粒后，脱粒室内会产生大量的秸秆、杂物和粉尘等残留物。如果不及时进行清理和维护，这些残留物可能会堆积在脱粒室内，影响脱粒室的正常运转，进而影响脱粒效果。此外，脱粒室内的清理和维护也是防止诸如机械故障、火灾等安全隐患的重要措施。