使用时间过长是拖拉机离合器分离轴承损坏的主要原因之一。当拖拉机工作一段时间后，离合器分离轴承会因长时间高负荷运转而磨损，从而出现故障。特别是在高温、高湿等环境下，轴承的损坏速度更快，因此定期更换轴承是非常必要的。
操作不当也是拖拉机离合器分离轴承损坏的常见原因。在启动和停止拖拉机时，如果操作不当，会导致离合器分离轴承的负荷过大，从而加速轴承的磨损。因此，在使用离合器时，操作人员应该按照正确的方法进行操作，不要急于启动或停止拖拉机。
质量问题也是拖拉机离合器分离轴承损坏的原因之一。如果离合器分离轴承的质量不好，或者购买的是假冒伪劣的产品，那么轴承在工作过程中很容易出现故障，从而导致整个离合器系统的故障。