草甘膦是一种非选择性除草剂，它能有效控制多种杂草和作物。草甘膦通过抑制植物体内的5-磷酸己糖醛酸途径，阻断草木生长所需的关键酶的合成，导致植物无法正常进行光合作用和能量代谢，最终导致植物死亡。由于草甘膦作用机理特殊，作物对其具有较高的耐受性，可以在作物长势良好的情况下使用，有效控制杂草，同时保护作物的生长。
与草甘膦相比，百草枯是一种非选择性触杀性除草剂。百草枯通过氧化还原反应，生成高度活性的氧自由基，进而造成植物细胞膜的破坏和蛋白质的氧化，导致细胞死亡。百草枯的杀草速度较快，在接触到植物体表面后很快被吸收并在植物体内迅速传导，对植物的杀伤作用迅速显现。
此外，草甘膦和百草枯在环境和健康安全方面也有不同。草甘膦在土壤中不容易降解，容易积累，因此可能对生态系统产生潜在的影响。而百草枯则有较高的毒性，对人体及动物的接触会引起中毒，甚至有致命的危险。因此，在使用这两种除草剂时，需要注意安全操作和妥善处理。