天气因素。天气恶劣是造成拖拉机故障的主要自然因素之一。例如，在雨季和雪季，路面湿滑，易使拖拉机打滑或陷入泥泞之中，导致机械损坏。另外，高温环境下，机械部件容易扭曲变形，从而影响拖拉机的正常运行。
自然灾害因素。自然灾害也是造成拖拉机故障的常见原因。例如，地震、洪水、风暴等自然灾害都可能对拖拉机造成损坏，使其无法正常使用。另外，由于气候变化，冰雹和雷击等自然灾害也越来越频繁，对拖拉机安全带来了极大威胁。
动植物因素。动植物也是拖拉机故障的一大自然因素。例如，鼠害会啃咬拖拉机的电线和管道，导致电路短路和漏油等问题。另外，蚂蚁、蜘蛛等昆虫也会在引擎盖内筑巢，影响拖拉机的正常运行。