发动机有效功率与指示功率的差异主要源于计算方式和效率损失。指示功率通过测量发动机气缸压力得出，假设理想情况，未考虑热效率、温度变化、燃烧效率、摩擦损失等。有效功率则是发动机实际运行时的输出功率，综合考虑了燃料热效率、温度变化、燃烧效率、摩擦损失等因素。
效率损失是导致两者差异的重要原因。发动机在燃料燃烧时产生大量热量，只有部分转化为有效功率，其余散失在环境中。这些损失主要包括摩擦损失、冷却效应、废气排放和其他机械效应。摩擦损失由发动机部件间相互摩擦引起，如活塞与气缸间、气门与气门导管间的摩擦，消耗燃料能量，降低有效功率。冷却效应因发动机运行中的散热需求，需额外能量驱动散热器，导致效率损失。废气排放中的有用能量因成分和温度等因素无法回收利用。其他机械效应如风阻、轮胎滚动阻力、传动损失也对有效功率产生影响。