第一大机构是柴油机的机械部分，包括曲轴、连杆、活塞、气门、滑轮、齿轮等。曲轴是柴油机的心脏，它将活塞的往复运动转化为旋转运动，带动发电机或其他机械设备工作。活塞和气门是柴油机的关键部件，活塞通过上下运动将燃油和空气混合物压缩，同时气门控制着燃油和空气混合物的进出，确保燃油顺畅燃烧。
第二大机构是柴油机的燃油系统，包括燃油供给系统、喷油系统和废气处理系统。燃油供给系统将燃油从油箱输送到喷油器，喷油器将精确计量的燃油喷入气缸中，以实现燃烧。废气处理系统则在柴油机排放废气前对其进行处理，以减少对环境的污染。
除了这两大机构，柴油机还有其他几个系统。冷却系统通过循环冷却剂来保持发动机正常工作温度。润滑系统则通过发动机油来减少摩擦和磨损，保护发动机。电气系统则为柴油机的启动和电力供应提供稳定的电流。