私改水箱还会影响整个冷却系统的平衡性。原本由制造商精确计算和设计的冷却系统将会被改变，其中的水泵、散热器、散热风扇等部件可能无法正常工作。这将导致冷却系统不能及时有效地降低发动机的温度，增加了发动机过热的风险。
此外，私改水箱还可能导致水箱泄漏或损坏的风险增加。原本精确设计的水箱和水管可能会因为私改而产生松动、漏水或破裂的情况。这不仅会导致冷却液的浪费，还会进一步影响发动机的冷却效果。同时，泄漏的冷却液还可能会污染周围的环境，对土壤和水源造成污染。
此外，私改水箱还会对小型拖拉机的保修和维修造成困扰。制造商通常对小型拖拉机的保修范围是基于原装设计，一旦私改了水箱，可能会导致保修失效。同时，维修工作也会变得困难，因为修理师傅需要面对未经授权和设计的改动，可能无法提供适当的修理方案。