农机专业合作社的组织架构应该健全。合作社的管理层应由合作社成员选举产生，既能代表各个成员的利益，又能确保合作社的运作效率。同时，应设立必要的职能部门，如财务部门、技术支持部门等，以便合理分工，提高工作效率。
在决策与执行方面，农机专业合作社应采用民主集中制。即通过会员大会、理事会等形式，集中讨论、决策重要事项，同时也要充分尊重并听取基层农民的意见与建议。决策后，由合作社的管理层负责具体的执行，确保决策的顺利实施。
资源配置是农机专业合作社管理模式的重要环节。合作社应根据农民需求和农机设备的使用情况，合理配置农机资源。合作社可以通过集中采购、统一维修、合理调度等方式，充分发挥农机的效益，降低农民的使用成本。
绩效评估是农机专业合作社管理模式的重要环节。合作社应建立科学、合理的绩效评估体系，根据农机使用情况、服务质量、经济效益等方面，对合作社的工作进行定期评估和总结，以便及时发现问题、改进工作。