对于一般的轻微违法行为，例如超速、闯红灯等，处罚由县级机关裁决。县级交通管理部门具有对农机驾驶员进行交通违法行为的处罚权力，他们有责任制定相应的处罚措施，并对违法行为进行处罚。对于轻微违法行为，常见的处罚措施包括罚款、扣分等。
对于较为严重的违法行为，如酒驾、毒驾等，处罚由市级机关裁决。市级交通管理部门拥有对农机驾驶员进行重大交通违法行为的处罚权力，他们会根据情况采取相应的处罚措施，并对违法行为进行严厉的处罚。通常情况下，这类违法行为都会被依法吊销驾驶证，并处以罚款、拘留等刑事处罚。
对于极为恶劣、危害交通安全的违法行为，如肇事逃逸、驾驶无牌无证车辆等，处罚由省级机关裁决。省级交通管理部门负责对农机驾驶员进行严重交通违法行为的处罚，他们会根据相关法律法规进行审查，并决定相应的处罚措施。这些违法行为往往会被追究刑事责任，并可能导致驾驶证终身禁驾。