最常用的处理方法是使用清洗剂。清洗剂是一种专门用于清除水垢的化学物质，它能够有效地溶解水垢，并将其从柴油机内部清除出去。使用清洗剂的方法很简单，只需要将清洗剂加入柴油机的燃油中，然后启动柴油机，让其运行一段时间，清洗剂就会将水垢带出来。不过，使用清洗剂的时候需要注意选择合适的清洗剂，以免对柴油机造成损害。
另外一种常见的处理方法是使用机械清洗。机械清洗是通过机械设备对柴油机进行清洗，将水垢从柴油机内部清除出去。机械清洗的方法有很多种，常见的有高压水清洗和刷洗。高压水清洗是将高压水喷射到柴油机内部，通过水流的冲击力将水垢清除出去；刷洗则是使用刷子或刷轮对柴油机内部进行刷洗，将水垢清除出去。机械清洗的效果较好，可以将水垢清除得比较干净，但是需要专业人员进行操作，且成本较高。
最后还有一种处理方法是使用化学清洗。化学清洗是通过化学药品对柴油机进行清洗，将水垢清除出去。化学清洗的方法有很多种，常见的有酸洗和碱洗。酸洗是使用酸性清洗剂对柴油机进行清洗，将水垢溶解并清除出去；碱洗则是使用碱性清洗剂对柴油机进行清洗，同样可以将水垢清除出去。化学清洗的效果也比较好，但是需要注意使用时的安全问题，以及对环境的影响。