拖拉机柴油机和汽车柴油机的结构也存在差异。拖拉机柴油机往往采用直列多缸结构，具有更大的缸径和更长的行程，以获得更高的功率和扭矩输出。而汽车柴油机通常采用小型的直列四缸或V型六缸结构，以提供更为平滑和高效的动力输出。此外，拖拉机柴油机通常装备有更大的冷却系统和油冷器，以保证长时间高负荷工作时的冷却效果和燃油经济性。
拖拉机柴油机和汽车柴油机在使用环境和工作条件上也有所不同。拖拉机通常在粗糙的地形上工作，因此其柴油机需要具备更好的耐久性和抗腐蚀性。相比之下，汽车柴油机更多地在城市道路上行驶，因此对噪音和排放的要求更为严格。