安全是水田农业机械作业时最需要注意的重要因素。在机械作业前，需要检查机械设备的安全性能，确保各项部件正常运行，防止发生因机械故障引起的事故。同时，对于操作人员来说，要穿戴好防护装备，严格遵守作业规程，确保人身安全。
机械作业时需要注意对水田生态环境的保护。水田是生态脆弱的环境，机械作业时需要注意避免对水田造成过度压实和土壤侵蚀。在选择机械设备时，要考虑其对水田土壤的影响，避免使用过重的机械设备。另外，在作业过程中，要注意机械设备的轮胎和履带对水田的压实情况，避免对水稻根系造成损害。
此外，作业时还需要注意节约用水。水田农业机械作业需要大量使用水资源，为了实现节约用水的目标，可以采取一些措施。比如，在机械作业前，可以提前进行田间水利设施的检查和维护，确保水利设施的正常运行。另外，可以适当调整机械设备的作业参数，减少用水量，提高用水效率。
定期进行机械设备的维护和保养也是非常重要的。水田农业机械设备经常在湿润的环境下使用，容易出现损坏和故障。为了保证机械设备的正常运行，需要定期进行设备的维护和保养，及时更换损坏部件，确保机械设备的性能稳定和使用寿命。