二冲程柴油机的结构相对简单，由于缺少气门和凸轮轴等附件，无需进行气门的开闭控制，因此减少了部分机械件和附件的使用，大大降低了制造成本和维护成本。
二冲程柴油机的工作原理相对简单，只有两个行程（工作过程），即进气压缩和燃烧排气。这使得其工作过程更加高效，每个行程的时间更短，从而提高了动力输出效率。这一特点使得二冲程柴油机在一些特殊应用场合下具有明显的优势，比如小型船舶、发电机组等。
此外，由于二冲程柴油机每次工作循环都有压缩和燃烧排气两个行程，相比之下，四冲程柴油机每次工作循环只有一个压缩行程和一个燃烧排气行程。因此，二冲程柴油机在单位时间内能够完成更多的工作循环，从而产生更高的功率输出。
二冲程柴油机在功率输出方面还有一个明显的优势，即相对于四冲程柴油机，其功率重量比更高。这意味着在相同重量的情况下，二冲程柴油机可以提供更大的功率输出，适用于一些对动力要求较高的应用场合。